Auteur : Wayne Zita, PhD
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Et si votre microbiote ne se souvenait pas seulement de ce que vous mangez… mais aussi des médicaments que vous avez pris il y a plusieurs années ? Une étude publiée dans ASM Journal apporte un élément de réponse surprenant : certaines signatures associées aux médicaments restent détectables dans le microbiote intestinal longtemps après leur arrêt. Et le phénomène ne concerne pas uniquement les antibiotiques.¹

Remonter cinq ans dans l'histoire du microbiote

Pour étudier cette possible « mémoire », les chercheurs ont combiné deux types de données : le séquençage métagénomique d'échantillons de selles et les dossiers médicaux électroniques des participants.

L'analyse porte sur 2 509 personnes issues d'une cohorte estonienne. Grâce aux dossiers médicaux, les chercheurs ont pu reconstruire l'utilisation de médicaments jusqu'à cinq ans avant le prélèvement du microbiote.²

Cette approche permet de poser une question rarement étudiée : lorsqu'un médicament n'est plus pris depuis longtemps, peut-on encore retrouver une trace de son passage dans l'écosystème intestinal ?

Le microbiote garde une empreinte

Les chercheurs ont étudié 186 médicaments. Pendant leur utilisation active, près de 90 % étaient associés à des modifications de la diversité microbienne ou à des changements dans l'abondance de certaines bactéries.¹

Mais c'est lorsque les chercheurs ont regardé dans le passé que le résultat devient particulièrement intéressant.

Des effets de « carryover », c'est-à-dire des associations encore détectables après l'arrêt du traitement, ont été identifiés pour environ 42 % des médicaments étudiés. Pour certains traitements, les signatures associées au microbiote restaient détectables plusieurs années après leur dernière utilisation.¹

  • Certains antibiotiques : notamment des macrolides et des pénicillines, avec des signatures encore détectables plus de trois ans après leur arrêt.
  • Les bêtabloquants : associés à des modifications de la diversité et de la composition microbienne.
  • Les inhibiteurs de la pompe à protons : des médicaments qui diminuent la production d'acide gastrique et dont l'utilisation est également associée à des changements du microbiote.
  • Certains antidépresseurs et dérivés des benzodiazépines : des signatures pouvant également persister après l'arrêt du traitement.

Autrement dit, une analyse du microbiote réalisée aujourd'hui pourrait contenir des informations sur des expositions médicamenteuses qui remontent à plusieurs années.

Quand les expositions s'accumulent

L'étude révèle également un phénomène intéressant : pour certains médicaments, l'impact semble augmenter avec la répétition des expositions. Plus un traitement est utilisé, plus l'association avec certaines modifications du microbiote peut être importante.¹

Le même principe apparaît avec la polymédication. Les personnes prenant un plus grand nombre de médicaments différents au moment du prélèvement avaient tendance à présenter une richesse microbienne plus faible.

Cela ne signifie pas que les médicaments « détruisent » systématiquement le microbiote. Il s'agit d'une étude observationnelle, et les chercheurs doivent notamment distinguer l'effet du médicament de celui de la maladie pour laquelle il a été prescrit. L'âge, le poids, le sexe et d'autres facteurs peuvent également influencer la composition du microbiote.¹

Le microbiote n'est peut-être pas une photographie

C'est probablement le changement de perspective le plus intéressant de cette étude.

Nous avons souvent tendance à voir le microbiote comme une photographie de notre état actuel : quelles bactéries sont présentes aujourd'hui ? Quelle est leur abondance ? Quelle est notre diversité microbienne ?

Mais si certaines signatures médicamenteuses persistent pendant plusieurs années, le microbiote ressemble davantage à un écosystème qui conserve une partie de son histoire.

Deux personnes peuvent donc présenter des microbiotes différents non seulement parce qu'elles n'ont pas la même alimentation ou le même mode de vie, mais aussi parce que leurs histoires médicales sont différentes.

Cette observation est particulièrement importante pour la recherche. Une signature microbienne associée à une maladie pourrait parfois être influencée par les médicaments utilisés pour traiter cette maladie. Le médicament devient alors un facteur de confusion qu'il faut prendre en compte.

Ce que cela évoque de notre approche

Cette notion de mémoire rejoint une idée essentielle chez BioMira : le microbiote n'est pas un paramètre isolé que l'on pourrait simplement « corriger ». C'est un écosystème vivant, façonné au fil du temps par notre alimentation, notre environnement, notre mode de vie et les traitements auxquels nous sommes exposés.

Cela donne encore plus de sens à une approche qui cherche à préserver la fonctionnalité et la résilience du microbiote dans la durée, plutôt qu'à intervenir uniquement lorsque le déséquilibre est déjà installé.

Et il faut le préciser : cette approche ne remet évidemment pas en question l'utilité des médicaments lorsqu'ils sont médicalement nécessaires. Elle rappelle simplement qu'un traitement peut avoir des effets qui dépassent sa cible initiale, y compris sur l'écosystème microbien qui nous accompagne.

Une mémoire à comprendre, pas à craindre

Il serait excessif de conclure qu'un médicament pris il y a plusieurs années a nécessairement « abîmé » votre microbiote. L'étude ne permet pas de faire ce lien chez un individu donné.

Elle révèle quelque chose de plus subtil : notre histoire médicamenteuse pourrait faire partie de l'histoire de notre microbiote.

Pour les chercheurs, cela signifie qu'il ne suffit peut-être plus de demander quels médicaments une personne prend aujourd'hui. Il faut parfois regarder plusieurs années en arrière pour comprendre l'écosystème intestinal que l'on observe aujourd'hui.¹

Et cela ouvre une question fascinante : si le microbiote peut conserver la trace de notre passé médicamenteux, pouvons-nous aussi favoriser sa résilience face à cette histoire ?

¹ Ferretti P. « The gut remembers: the long-lasting effect of medication use on the gut microbiome ». mSystems. 2025;10:e01076-25. DOI: 10.1128/msystems.01076-25.
² Aasmets O, Taba N, Krigul KL, Andreson R, Estonian Biobank Research Team, Org E. « A hidden confounder for microbiome studies: medications used years before sample collection ». mSystems. 2025;10:e00541-25. DOI: 10.1128/msystems.00541-25.
Note : étude observationnelle humaine. Les associations observées ne démontrent pas à elles seules qu'un médicament est directement responsable de chaque modification du microbiote.